経営企画課・広報課に分かれており、経営企画課では孝仁会全体としての中長期計画の策定等の業務、広報課では広報誌の作成やメディア対応等の業務を行つています。
給与課・財務課に分かれており、給与課では給与業務、財務課では現金出納業務・資金計画表の作成・決算業務・銀行等の手続き業務を行っています。
人事課・教育課・医師研修課に分かれており、人事部では採用をはじめとする人事業務、教育課では研修など職員の教育に関する業務を行っています。
患者様の診療録をはじめとする院内データの管理、施設内のコンピューターのネットワーク構築などを行っています。
診療情報管理士、SEの方が配属されます。